Το ανοσολογικό σύστημα εμφανίζει ανοσολογική ανοχή έναντι των δικών του στοιχείων (αυτοανοχή). Η απώλεια της αυτοανοχής οδηγεί σε παθολογικές καταστάσεις που ονομάζονται αυτοάνοσα νοσήματα. Τα αυτοάνοσα νοσήματα είναι συνεπώς τα νοσήματα που προκαλούνται από την επίθεση του ανοσολογικού συστήματος του οργανισμού εναντίον δικών του κυττάρων, ιστών και οργάνων με αποτέλεσμα τη βλάβη τους και την ακόλουθη ανάπτυξη νόσου.
Τα νοσήματα αυτά είναι πολυπαραγοντικά, δηλαδή στην ανάπτυξη τους συμβάλλει η δράση πολλών παραγόντων. Γενετικοί, περιβαλλοντικοί, ορμονικοί και νευροψυχολογικοί παράγοντες φαίνεται να συμμετέχουν στην ανάπτυξη των αυτοάνοσων νοσημάτων. Τα αυτοάνοσα νοσήματα δεν κληρονομούνται, κληρονομείται όμως η προδιάθεση σε αυτά. Για τον λόγο αυτό είναι δυνατόν πολλά μέλη της ίδιας οικογένειας να πάσχουν από κάποιο αυτοάνοσο νόσημα.